（1）機関運営

金属労協は、毎年9月上旬に定期大会を開催し、1年間の活動をスタートさせます。

定期大会は最高決議機関であり、運動方針（2年毎）、活動方針（中間年）、予算などを審議・決定し、役員を選出します。

大会に次ぐ決議機関である協議委員会では、主に春の総合生活改善闘争方針の決定を行います。

常任幹事会は上記の決議機関で決定された大網的な方針に基づいた、日常的な活動を推進するための執行機関です。常任幹事会は、加盟5産別から2名ずつに加え女性常任幹事3名の計13名の常任幹事と、議長、事務局長、事務局次長、事務局の出席のもと、原則として月1回開催しています。

この常任幹事会の下に、事務局が設けられており、運動方針に基づいた具体的な金属労協の日常活動を推進しています。また、常任幹事会の諮問機関として専門委員会が設置され、政策立案などを行っています。

また、運営調整機関として、三役会議が設けられており、運営全般の高度な戦略を練り、運営調整を図るために、原則月1回開催されています。この三役会議から付託された事項を検討する場として、書記長会議が設けられています。

協議委員会から春闘終了時までの春季総合生活闘争時には、闘争機関として、中央闘争委員会（常任幹事会メンバーで構成）に、戦術委員会（三役会議メンバーで構成）を設置し、闘争推進の指導・調整にあたります。

（2）事務局体制

事務局長の下に、3局体制（組織総務局/政策企画局/国際局）で日常活動を推進しています。

【組織総務局】
　総務/財政/組織/教育/広報を担当

【政策企画局】
　政策・制度/産業政策/春季生活闘争/労働条件/産別最賃等を担当

【国　際　局】
　国際活動全般を担当

（3）専門委員会

常任幹事会の諮問機関として下記の専門委員会を設置、政策立案、その他活動推進のための諸施策を審議する。専門委員会の下に必要に応じて担当者会議を設置し、具体的な対策、課題を検討する。また、必要に応じて特別委員会を設ける場合がある。

【専門委員会】

　・組織委員会
　　－地方ブロック代表者会議
　・政策委員会
　・労働政策委員会
　・国際委員会
　　－男女共同参画推進連絡会議

【特別委員会】

　・組織改革推進会議